根据协议，双方将在以往合作的基础上，进一步加强客货运、机务维护、应对国际竞争和国际化进程等方面的战略合作，包括航线上的特殊比例分摊、常旅客计划、电子客票联运、人员交流和培养等。此外，双方还在考虑具体航线上的代码共享，以及通过各自市场上发达的旅行社和客源网络，为两岸同胞提供从乘机前往、陆路交通、旅游安排、乘机返回等一条龙服务。

　　此前，从2005年两岸包机实现对飞后，南航和华航已有部分业务合作，如华航到广州包机的航班地面服务由南航负责代理，而南航飞往台北的航班则由华航负责地面代理等。双方还签署了包括旅客服务、机坪服务、载量控制、通信、航务签派、货物以及邮件服务等一系列长期有效的合作协议。

　　南航董事长刘绍勇在当天的签约仪式上说：“南航和华航两家航空公司的航线网络互补性最强。南航的国内航线密集，而华航又有很多国际航线。”他甚至表态南航将支持华航加入“天合联盟”，共同拓展市场。目前南航有飞机342架，是亚洲最大的航空公司，通过“天合联盟”，其航线触角延伸至全球162个国家和地区的841个目的地。华航则是台湾岛内最大的航空公司，有飞机67架，航线网络遍及25个国家和地区的68个城市。

　　刘绍勇还决定亲自执飞7月4日的首个两岸包机航班。他告诉《第一财经日报》：“这是有意义的事情。”他还介绍，周末包机的票价总体上按照市场需求来定，目前的订购“异常火爆”，有1万多名，但航班航点有限，乘客中台胞和大陆游客的比例大概是1.5∶1。

　　刘绍勇和华航董事长赵国帅都在当天的新闻发布会上回复媒体提问时认为，两岸包机周末化，受到航班和航点数量的限制，短期内不会冲击港澳旅游市场。据介绍，南航7月份每周共有4个航班，分别从广州和上海直飞台北；华航及旗下的华信，每周有7个航班，分别从京、沪、穗飞往台湾。

　　此外据了解，《海峡两岸包机会谈纪要》于6月13日签署后，大陆三大航空均有赴台湾洽谈业界合作，南航除与华航签署战略合作协议外，还与包括华航在内的5家台湾航空公司签署了地面代理协议。国航也与长荣和华航等就油料供应、机务维护和配餐等方面的合作正式签署了协议。