根据FDA在今年3月份的检查中，发现该公司主要违反的内容为：

1、对低酸的蔬菜汁饮料缺乏必要的热力杀菌和低温冷藏。

2、接触食品的设备清洁不够。

3、管道清洗方法不当。

在此之前，FDA分别于2008年4月和2009年10月就类似事件书信警告过布鲁克林果汁公司，该公司也承诺使之符合相关规定，但缺乏必要的改进。