会处罚。根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十五条第九项规定，违反本办法的规定，有下列情形之一的，由税务机关责令改正，可以处1万元以下的罚款；有违法所得的予以没收：（九）未按照规定存放和保管发票的，《中华人民共和国发票管理办法》第三十六条规定：“跨规定的使用区域携带、邮寄、运输空白发票，以及携带、邮寄或者运输空白发票出入境的，由税务机关责令改正，可以处1万元以下的罚款；情节严重的，处1万元以上3万元以下的罚款；有违法所得的予以没收。  

丢失发票或者擅自损毁发票的，依照前款规定处罚。”因此发票丢失由税务机关责令改正，可以处1万元以下的罚款；情节严重的，处1万元以上3万元以下的罚款。具体处罚金额还需结合本省的《税务行政处罚裁量基准》作出。

参考：某省的《税务行政处罚裁量基准》：

相关案例：

2018年6月，新三板挂牌公司深圳市易腾达科技股份有限公司（以下简称易腾达公司）向客户销售模组一批，并开具增值税专用发票（发票联、抵扣联）108份，但因客户保管不善，将发票全部遗失，由易腾达公司向税务局申请补办。主管税务机关根据《中华人民共和国发票管理办法》，决定对易腾达公司处罚人民币10000元整。

案例来源：2018年9月7日，《深圳市中易腾达科技股份有限公司关于公司收到税务行政处罚事项告知书的公告》

第二联为抵扣联，是购买方扣税凭证。一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联认证，专用发票发票联复印件留存备查。

第三联为发票联，是购买方记账凭证。一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。

一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》或《丢失货物运输业增值税专用发票已报税证明单》（附件1、2，以下统称《证明单》），作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。

依据：《国家税务总局关于简化增值税发票领用和使用程序有关问题的公告》（ 国家税务总局公告2014年第19号）

第一联为记账联，是销售方记账凭证，文件未作出明确规定，根据相关文件精神，可使用其他联次的复印件记账，注意由原件保存单位或者个人在复制件上注明“与原件核对无误，原件存于我处”，并由提供人签章。

《国家税务总局关于消费者丢失机动车销售发票处理问题的批复》（国税函〔2006〕227号）规定：鉴于车主申报缴纳车辆购置税时需要报送《机动车销售统一发票》（报税联），办理机动车登记时需要报送《机动车销售统一发票》（注册登记联），因此，当消费者丢失机动车销售发票后，可采取重新补开机动车销售发票的方法解决。

1、丢失记账联

普通发票第一联为记账联，是销售方记账凭证，应取得发票联的复印件，由原件保存单位或者个人在复制件上注明“与原件核对无误，原件存于我处”，并由提供人签章。

2、丢失发票联

普通发票第二联为发票联，是购买方记账凭证，可以参考《财政部关于印发<会计基础工作规范>的通知》（财会字〔1996〕19号）第五十五条规定：“会计机构、会计人员要妥善保管会计凭证。……（五）从外单位取得的原始凭证如有遗失，应当取得原开出单位盖有公章的证明，并注明原来凭证的号码、金额和内容等，由经办单位会计机构负责人、会计主管人员和单位领导人批准后，才能代作原始凭证。如果确实无法取得证明的，如火车、轮船、飞机票等凭证，由当事人写出详细情况，由经办单位会计机构负责人、会计主管人员和单位领导人批准后，代作原始凭证。”，购买方取得开票方有效证明后用记账联发票复印件入账，复印件上由原件保存单位或者个人在复制件上注明“与原件核对无误，原件存于我处”，并由提供人签章。

对丢失普通发票如何入帐，目前各省的规定不完全一致，如《河北省国家税务局关于印发<增值税普通发票管理办法（试行）>的通知》(冀国税发〔2007〕156号)第十七条规定，对丢失已开具的增值税普通发票，购买方可凭销售方主管国税机关开具的《丢失增值税普通发票已报税证明单》（附件5）和记账联复印件到购买方主管国税机关验证相符后，凭记账联复印件及《验证结果通知书》作为记账凭证。因此具体请咨询当地主管税务机关。

来源：小颖言税  作者：严颖