吴敬琏强调改革过程必须维持宏观经济稳定，多次在关键时刻准确研判宏观经济形势，及时提出宏观政策调整建议；他强调持续的长期经济增长是更为根本的方面，要维持长期增长必须加快向现代经济增长模式转变，深化改革是其中的关键，政府改革又是关键中的关键。关于长期、短期的关系，他主张二者要辨证地处理。

　　1、关于宏观经济稳定。布鲁斯访华讲学期间谈到改革的核心问题是发挥市场机制的作用，这只有在买方市场已经形成的情况下才能发挥积极作用。在比例严重失调、产品普遍供过于求的情况下，应先集中力量抓调整，比例关系大体协调后再全面改革 。他在上世纪80年代初期研究德国和日本从战时统制经济向市场经济转轨的经验时，认为弗里德曼将“艾哈德奇迹”的动因归结为“取消对物价和工资的限制，允许市场自由活动，同时严格限制货币的总量”（即“管住货币、放开价格”）抓住了问题的症结 。与此同时，他还认同薛暮桥关于经济调整和推进改革之间关系的论述。据此，吴敬琏一直重视改革需要稳定的宏观经济环境。在经济不景气时，他往往提出趁机加快改革的建议；在经济过热时，他通常强调应首先采取紧缩性政策。

　　他多次在关键时刻准确分析判断宏观经济形势。如1984年12月，针对当时出现的经济增长过热、货币投放过多的情况，以吴敬琏为首的分析小组向国务院报送了《当前货币流通形势和对策》专题报告，提出必须对此制定总体对策，进行综合治理 。这份报告对1985年宏观经济调控起了重要推动作用。

　　又如1988年4月，针对在高通货膨胀情况下实行物价闯关的决策，他提出《控制需求，疏导货币，改革价格》的研究报告，指出：在需求膨胀和待实现购买力大量积累的情况下，对价格作较大的调整和放开部分商品的价格，“是一种成功的可能性很小的选择”，“有可能引发严重的通货膨胀” 。这一判断被不幸而言中。1988年8月中共中央政治局甫一宣布“价格工资闯关”，就爆发了全国性的抢购。

　　2、关于长期宏观经济问题。吴敬琏1980年开始研究改革和调整关系问题 ，1982年发展为《经济发展战略与经济体制模式的选择》一文 。文中指出，经济发展战略和经济体制模式存在着“相互配套”的关系。如优先发展重工业的赶超战略与高度集中的计划经济体制相互配合，成为一个完整的模式。这一模式适用于某些特殊的环境，但 “具有某些带有根本性缺陷，必须作出重大的、根本性的改变”。“从发展战略方面说，就是从通过外延式粗放式的发展实现高速度成长的目标的战略转向以提高经济效益为中心实现满足人民需要的目标的战略。从经济体制来说，则是从行政高度集权、排斥市场机制的计划经济模式，转向集权与分权相结合，能够在一定范围内发挥市场机制的调节作用的计划经济模式。”他认为，发展战略调整与经济体制改革相互作用，互为因果，“必须彼此配套进行” 。这篇文章仍以引进市场机制的计划经济为目标模式，但他对发展战略与经济体制配合关系的论述在中国学界产生持久影响。

　　1986年他完成《试析我国当前的经济发展阶段及其基本矛盾》一文，对以前的思想有所修正和发展 。他指出， “社会主义工业化问题”只着重提出了工业化方法、源泉问题，而发展战略的核心问题是“农村剩余劳动力向非农产业转化” 。中国正处于“从二元经济向现代发展加速转变阶段”，为了加快农村劳动力的转移，“有必要改变过去那种片面追求增值速度的传统发展战略，而把经济效益放到经济工作的首位” ；同时，他指出“我国作为一个发展中大国，应当坚决实行出口导向战略” ，并需要外贸体制改革配合。在此后的研究中，他将体制问题看作长期发展的核心问题进行了重点研究 。1994年外汇改革和外贸改革后，中国经济走上了出口导向型道路。

　　进入21世纪以来，中国投资率不断攀升，全国出现大规模投资“重化工业”的浪潮，吴敬琏从2004年7月起对此提出质疑，随即引起热烈讨论。2005年他发表《中国应当走一条什么样的工业化道路》长文，并进一步扩展为《中国增长模式抉择》一书 。书中指出，中国“重化工业化”浪潮其实是一种高度依赖投入的早期经济增长模式，会导致就业困难、环境污染严重等多方面的严重问题。先行工业化国家进入工业化后期阶段以后，增长最快的是服务业而不是重化工业，增长模式也转变为现代增长模式。现代经济增长最主要的增长来源是效率改进而不是增加要素投入，效率改进的主要源泉是“与科学相关的技术”广泛应用、服务业特别是生产性服务业的发展以及ICT的渗透和改造。他指出，出路还是“转变经济增长模式，走新型工业化道路”；而只有充满活力的新体制，才能实现这一目标；他就改革攻坚、建立健全集约增长的制度基础提出了一系列建议，明确指出转变经济增长模式最终取决于政府自身改革的成败。经过热烈讨论后，这些意见被学界广泛接受，有关思想被“十一五规划”吸收，但因改革推进的相对滞后，增长模式转变目标并未实现。这里还要指出的是，他在《中国增长模式抉择》一书增订版中补充了一章，明确指出出口导向战略已经完成历史使命，转变增长模式需要配套的汇率形成机制改革，加快人民币汇率形成机制市场化。

　　3、关于长期问题和短期问题的辨证处理。在维护宏观经济稳定的条件下，吴敬琏始终关注长期经济增长的来源和背后的制度框架。这突出表现在1998-2001年关于应对东亚金融危机和2007年以来关于应对全球金融危机的讨论中。

　　在应对东亚金融危机的背景下，吴敬琏在1998年4月～7月间向国务院提出专题报告，认为在内需不足的条件下，一方面要采取凯恩斯主义政策，一方面要采取供给方政策，激发企业活力，启动民间投资。为了千方百计通过创业增加就业门路，他指出发展中小企业是开辟新就业门路的工作重点，建议采取整套措施，切实为中小企业创造良好的经营环境 。这些措施实际上既有利于短期宏观经济稳定，也有利于长期经济增长。

　　2003年秋，围绕外汇制度和人民币升值问题，经济界和学界出现了广泛争论。吴敬琏担心长期的出口导向政策使出口企业躺在低要素价格和低汇价上，因而支持“尽快恢复汇率浮动、不要害怕人民币升值”的建议。2005年7月后，人民币汇率形成机制改革采取了持续小步上扬的策略，热钱大量涌入，为了抑制升值速度，央行不得不大量收购外汇，释放大量高能货币，货币政策处于极为被动的状态。吴敬琏2006年后多次指出，以低估汇率为特征的出口导向政策长期持续不仅支持了粗放增长模式，而且造成内外经济失衡、流动性泛滥和资产泡沫的局面，严重影响到短期宏观经济稳定。他强调汲取东亚国家和地区的教训，及时调整出口导向政策，继续推进人民币汇率形成机制的市场化 。

　　2007年10月后，金融危机席卷全球，中国增长率一度迅速下滑。他指出长期的出口导向型战略使中国成为全球金融危机中的问题环节，要有效应对危机，一方面要采取积极的财政政策刺激需求，稳定经济，一方面强调短期政策的局限性，指出政策重点要尽快转到解决长期增长问题上。由于消费、投资、出口（净出口）的“三驾马车”分析框架主要从需求方考虑，掩盖了中国长期增长面临的挑战，他从2008年底以来多次强调这一分析框架的局限性 。政府通过宽松的财政政策和货币政策强力刺激短期需求后，有的经济学家认为以强有力的政府控制经济体系为特征的“中国模式”将成为世界仿效的榜样。吴敬琏则指出，短期刺激政策迟早都要退出，而中国采取的广泛行政干预退出难度要更大，建议政府切实通过体制改革加强企业自主创新的激励，而不是把钱直接给予自己“认定”的项目或企业，这样才可能真正实现经济发展方式转变目标 。