南沙海关创新通关监管模式，简化手续，降低企业通关成本，提高海关监管效能。港区以信息化、封闭化、集约化为原则，提出了以“监管场所代码、信息化系统、场所卡口系统、视频监控系统、查验监管、电子底账”等“六个统一”为核心的南沙保税港区海关监管方案。

　　2009年8月31日，南沙保税港区封关运作后，进出口业务大幅增长。据统计，仅2009年9-12月的4个月间，南沙保税港区进出口货运量179.9万吨，同比增长47.4%，进出口货物总值20.02亿美元，同比增长45%，税收入库13.38亿元，同比增长106.1%。其中，区外企业进出口货物总值19.37亿美元，区内企业进出口货物总值0.65亿美元。

　　南沙海关开通服务热线，及时解决企业的需求和问题。对南沙保税港区的“一日游”货物，加快通关和查验速度，降低企业物流成本。按照“手续最简化、进出最快捷、管理最高效、服务最便利”要求，采取视频监控、实地巡查、数据核查等监管手段。派员参加南沙保税港区建设和验收协调会46次，派出专人参加广州市政府组织的“广州南沙保税港区建设现场工作组”，建立了与保税港区管委会的配合机制，签订《广州南沙保税港区建设和验收有关事项备忘录》。目前，已有四家物流企业进驻南沙保税港区开展保税物流业务。港区的加工业务运作也已展开。