不是抵扣3%，应该抵扣10%即1000元的增值税。

该份增值税专用发票不需要认证。

财税〔2017〕37号《财政部 税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》第二条规定：纳税人购进农产品，按下列规定抵扣进项税额：

(一)除本条第(二)项规定外，纳税人购进农产品,取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书的，以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额;从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和11%的扣除率计算进项税额;取得(开具)农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算进项税额。

(二)营业税改征增值税试点期间，纳税人购进用于生产销售或委托受托加工17%税率货物的农产品维持原扣除力度不变。

财税〔2018〕32号 《财政部税务总局关于调整增值税税率的通知》规定：

一、纳税人发生增值税应税销售行为或者进口货物，原适用17%和11%税率的，税率分别调整为16%、10%。   

二、纳税人购进农产品，原适用11%扣除率的，扣除率调整为10%。 

三、纳税人购进用于生产销售或委托加工16%税率货物的农产品，按照12%的扣除率计算进项税额。 

来源：中税答疑新媒体智库、北京怀柔税务