在区域经济一体化过程中，随着区域内商品、服务乃至生产要素自由流动量的增加，成员之间不可避免地产生贸易摩擦。这些争议有的是当事方政府之间在经济交往中直接形成的，有的则是存在于当事一方的国民（包括自然人和法人）与另一当事方政府之间。前者表现为相关当事方的法律、政策、措施是否符合协定的要求；后者则较集中于一方的国民在另一方所受到的待遇是否低于协定的标准。虽然，世界贸易组织《关于解释GATT1994第24条的谅解》第12条规定：“对于在实施第24条中关于关税同盟、自由贸易区或导致关税同盟或自由贸易区形成的临时协定的过程中产生的任何事项，可援引由《争端解决谅解》详述和适用的GATT1994第22条（协商）和第23条的规定（利益的丧失或损害）”。但是，许多区域贸易协定都制定了自己的争端解决机制，例如，北美自由贸易区、欧盟、中国—东盟自由贸易区均制订有争端解决机制协议。

区域贸易协定中的争端解决机制一般分为四类：国家间的争端解决、私人（企业）和国家的争端解决、正式的国内争端解决和非正式的国内争端解决。

争端解决机制是包括争端解决机构、解决规则、方法等在内的一整套法律制度。设立争端解决机制有助于确保区域贸易协定中各项规定的有效实施，成为一套能够发挥实际效力并具有可操作性的游戏规则，有助于区域贸易协定的各成员方有效地解决贸易纠纷，实现各方利益的平衡；有助于区域贸易协定各项规则的完善。

争端解决的场所选择条款绝大部分WTO成员具有区域贸易协定缔约方的双重身份，因此，在相互间发生争端时，就出现了使用哪一个争端解决规则，在哪一争端解决机构解决争端的问题。近年签署的一些区域贸易协定大多规定了争端解决的场所（规则、机构）选择条款，这一条款的设置对于解决上述问题起到了非常重要的作用。

区域贸易协定的争端比WTO的争端多样，不同的争端，解决的场所也不一样。

1.协定成员政府之间的争端。大部分的区域贸易协定规定，成员之间发生争端时优先使用区域贸易协定争端解决的规则、机构。

2.协定成员当事一方的国民（包括自然人和法人）与另一当事方政府之间的争端。通常规定“当地救济优先权”和“要求用尽国内行政救济”；投资争端一当事方政府可代表其国民向“国际投资争端解决中心”提交国际仲裁；北美自由贸易协定规定私人投资者可直接向协定的仲裁庭提起仲裁。

3.区域内成员政府与区域外国家之间、区域机构与区域外国家之间的贸易争端。此类贸易争端的解决有两种机制：一是统一对外，二是分别对外。目前欧盟是统一对外解决争端，绝大多数是分别对外。

设立争端解决机制用法律方法解决区内成员间的争端，是区域贸易协定所必不可少的，有助于减少矛盾，避免冲突升级，促进区内法律秩序的稳定，更好地保障各成员的经济利益。当今世界各主要区域贸易协定都建立了相应的争端解决机制，但由于各成员方的经济发展水平、历史和文化传统等因素的不同，各争端解决机制在模式选择、程序设计等方面存在着很大差异。

区域贸易协定的争端解决机制规定在区域贸易协定争端解决机制的规定形式方面，主要有：1.依据成员之间的双边争端解决机制来处理贸易争端。
2.区域贸易协定只单纯地规定了原则性的争端解决条款。

3.双重的争端解决机制，即允许区域内的争端交由区域争端解决机构或者向WT0争端解决机构解决，但在法律适用上有所保留，即如果区域贸易协定与 WT0规则相冲突，区域贸易协定优先。目前已经有一些区域贸易协定采用双重的争端解决机制。

4.区域贸易协定制定了自己的争端解决机制。有的区域贸易协定通过各方谈判构建起了一个比较完整的争端解决机制。如，《北美自由贸易协定》、欧盟、中国—东盟自由贸易区《争端解决机制协议》等。

争端解决机制的类型区域贸易协定争端解决方式比WTO要丰富得多。有学者分析归纳了113个区域贸易协定，按争端解决方式的不同，将区域贸易协定争端解决机制分为三类：

第一类，争端解决机制以磋商、调停、调解等政治外交方式为主。协定对政治外交方式的规定，主要是有关程序问题。采取这种方式的有澳大利亚-新西兰紧密经济关系贸易协定（ANZCERTA），亚太贸易协定（APTA），南亚自由贸易协定（SAFTA），南太平洋区域贸易和经济协定（SPARTECA），中欧自由贸易协定（CEFTA），欧洲自由贸易联盟（EFTA）分别与斯洛伐克、波兰、土耳其等国签订的自由贸易协定，欧盟分别与冰岛、挪威、瑞士等国签订的自由贸易协定等。

第二类，含有仲裁方式的争端解决机制。协定对仲裁方式的规定，一般包括，仲裁场所选择、仲裁员选择、仲裁程序、证据、报告发放等争端解决中的重要制度。采用这种争端解决方式的区域贸易协定主要有东盟自由贸易区（AFTA），中美洲共同市场（CACM），南方共同市场（MERCOSUR），北美自由贸易区（NAFTA），欧洲自由贸易联盟（EFTA）分别与保加利亚、约旦、以色列、拉脱维亚等国签订的自由贸易协定，欧共体与土耳其、安道尔建立的关税同盟，美国与以色列、约旦签订的自由贸易协定，加拿大分别与以色列、智利签订的自由贸易协定等。

第三类，争端解决机制设立了常设法院，采用司法解决争端的方法。协定对司法方式的规定，一般包括争端解决机制中的场所选择、专家组、执行机制、上诉问题、法庭之友等程序问题以及适用法律问题。采用这种争端解决方式的区域贸易协定主要有欧洲经济区协定（EEA），欧盟，安第斯共同体，东部和南部非洲共同市场（COMESA）等。

欧盟的争端解决机制是以“硬法”机制为主的模式，即由合法的立法机构指定或认可的并带有强制性的规则，通常由严格的立法、执法程序以及制定、执行和实施机构组成。

北美自由贸易区的争端解决机制是综合、开放、分散的模式。即根据不同的争端事项设置不同的争端解决机构和争端解决程序，法律的解决方法和政治的解决方法相结合，私人主体可直接参与争端解决程序成为“原告方”。

东盟自由贸易区的《争端解决机制议定书》，初步建立了一个模仿WT0的区域争端解决机制，但条款过于简单，缺乏可操作性。

在中国签订的各种区域贸易协定中，既有只单纯地规定了原则性的争端解决条款，如《内地与香港关于建立更紧密经贸关系安排》，也有通过各方谈判构建起了一个比较完整的争端解决机制，如中国———东盟自由贸易区、中国———智利自由贸易区等。

区域贸易协定的争端解决机制与WTO争端解决机制相互冲突、互相补充，并且区域贸易协定的争端解决机制对其自身运行的效力也有影响，在一体化程度高的区域贸易协定中，正在出现从成员方法院管辖权向区域贸易协定争端解决机构转移或部分转移的情形。