国家基本药物目录出台已有一段时日，然而，倍受关注的基本药物目录如今逐渐褪下“光环”，不论是基本药物目录药品的价格、进入的企业还是实施的力度都与预期有些差距，中投顾问医药行业研究员郭凡礼指出，而“以药养医”体制是基本药物目录实施最大的挑战。

　　中投顾问医药行业研究员郭凡礼指出，长期以来，医院的药品销售都是医院收入的主要来源，医生开“高价处方”已经不是一天两天的事情，这已经形成了一个根深蒂固的“以药养医”体制，而且越是小医院、基层医院其“以药养医”的依赖度就越高。

　　这就与基本药物目录的实施出现一个冲突，郭凡礼指出，此次进入基本药物目录的药品普遍将降价25%左右，这包括15%的药品加成即零差率销售以及10%左右的药品预计下调价格，药品价格下降，医院收入减少，很显然，医院对基本药物目录实施的兴趣不高。

　　另一方面，基本药物目录内的药品要实行“零差率销售”，而基本药物目录外的药品却不需要实行，这让医院在用与不用基本药物目录内的药品上陷入一个抉择，由于相关政策并没有硬性规定非基本药物目录的配备比例，因此医院的这个“抉择”其实是显而易见的。

　　中投顾问发布的《2009-2012年中国医药行业投资分析及前景预测报告》指出，基本药物目录在规划之时本身有一个良好的愿景，然而当它真正揭开神秘的面纱之后，其对医药行业的影响却没有当初预期的那样大，而对于多年来我国形成的根深蒂固的“以药养医”体制来说，它的存在是对基本药物目录实施最大的冲击。