当天上午，国会参议院召开全体会议对这一协定进行表决。在参议院占多数的在野党投反对票否决了该协定，理由是日方在美军转移费用中应承担费用数额计算根据不明。

　　由于众议院此前已于4月14日通过了该协定，国会于13日下午召集两院协议会进行协商，但最终未取得一致。众议院议长河野洋平随后根据宪法规定的众议院优先原则宣布协定获得国会批准。

　　协定规定，作为驻日美军整编的一环，驻冲绳美海军陆战队8000人及其家属9000人将被转移到关岛驻扎。日本将承担部分转移费用，上限为28亿美元。协定还规定，美军普天间机场迁移问题取得具体进展是驻冲绳美海军陆战队迁移的前提条件。

　　2006年5月，日美两国就驻日美军整编达成最终协议，决定在2014年底前把驻日美海军陆战队1.8万人中的8000人迁往关岛，把位于冲绳县宜野湾市的美军普天间机场迁至该县名护市。该协议旨在减少驻日美军部队，让日本承担更多安全责任。但冲绳县地方政府及在野党对机场转移计划和移驻费用提出异议，整编工作迟迟没有进展。今年2月美国新任国务卿希拉里·克林顿访日期间，两国签署了上述协定，再次确认了驻日美军整编路线图，将其变为两国的法律义务，以表达双方继续推进整编计划和维护日美同盟关系的决心。