检查人员了解得知，该企业为国有控股，成立于2010年4月30日，主要从事房地产开发、销售和物业管理等。该企业账证健全，由宿州市地税局涉外分局负责税收管理，实行查账征收。2011年，该企业在宿州市开发某小区。

检查组利用电子查账软件分析、比对该企业检查年度的账务、凭证、报表和纳税记录，发现3个主要疑点。该企业2012年在申报缴纳房产税时，没有任何缴纳城镇土地使用税记录。该企业收到政府土地返还款没有记收入，有直接冲减成本的嫌疑。并且，该企业的建筑发票存在疑点。

做好查前准备后，检查组针对该企业存在的疑点一一开展检查。结果证实，该企业于2012年9月迁入新地点办公，由于工作疏漏没有及时申报缴纳土地使用税。

通过对该企业明细账和原始凭证的检查，发现该企业的2011年度和2012年度“预付账款”科目中，用收到的土地返还款冲减该科目余额，2012年结转一期已售房屋的收入时又将收到的一期土地返还款直接冲减了当期成本。对此，该企业财务负责人认为，企业在购买土地时按购买价格计入土地成本，政府返还土地款时，实际上减少了土地成本，直接冲减土地成本和计入当期收入是一回事，不影响当期利润，没有必要把收到的返还土地款再调整计入当期收入。检查人员详细地向该企业财务人员讲解了企业所得税法及其相关规定，并对该企业做了纳税调整。认识到自己的错误，该企业表示，一定在检查期内及时改正。

检查人员还抽查了该企业发票使用情况，发现有跨区域使用建筑业发票、使用过期作废发票及转借使用发票的行为，该企业认识到发票使用中的错误并愿意接受处罚。

经检查，该企业收到返还土地出让金，直接冲减成本未记入收入，少申报缴纳企业所得税。并且，检查中涉及营业税、城建税、印花税、教育费附加、企业所得税和个人所得税等。该局共补征该企业税款1294.06万元，加收滞纳金182.50万元，罚款130.41万元，合计1606.97万元，均已依照规定入库。